لم يكن يعلم المعز لدين الله الفاطمي أول الخلفاء الفاطميين على مصر أن المسجد الذي أقامه وشيده لتعليم المذهب الشيعي سيصبح أكبر منارة لتعاليم الإسلام السني الوسطي في العالم، أو أنه سيصبح ثاني أقدم جامعة عريقة عالمياً.
ففي عام 359 هجرية، والذي وافق عام 9370 م، شرع جوهر الصقلي قائد جيش الخليفة الفاطمي المعز لدين الله، في بناء الجامع الأزهر ليصبح وقتها أول جامع أنشئ في القاهرة، وأقدم أثر فاطمي يقام في مصر.

استغرقت عملية بناء الجامع الأزهر عامين، لتقام فيه أول صلاة جمعة في 7 رمضان عام 361 هجرية الموافق 972 م، وقد عين المعز "القاضي النعمان بن محمد"، مسئولا عن تدريس المذهب الإسماعيلي، وكانت بعض الفصول تدرس في قصر الخليفة، وكذلك في الأزهر، مع دورات منفصلة للنساء.

وخلال حكم المماليك عا الأزهر الشريف عصره الذهبي، بعدما عانى التهميش خلال حكم الأيوبيين، حتى ان المماليك اهتموا بالأزهر، وقاموا بالعديد من التوسعات والتجديدات التي طرأت على البنى التحتية للمسجد، حولوه إلى أهم جامعة تنشر المذهب السني في العالم الإسلامي.

رحل الفاطميون ومن بعدهم المماليك، وجميع العصور، وظل الأزهر شامخا قبلة لطلاب العلم من جميع دول العالم، ليصبح أشهر جامع وجامعة تعلم الدين الإسلامي الوسطي وينهل العالم من فيضها والطلاب من علومها.