نفى الرئيس محمد مرسي، وجود خلاف بين مؤسسة الرئاسة والقوات المسلحة لأنهم لا يمثلون طرفين ولكنهم طرف واحد حيث إن
الرئيس هو القائد الأعلى للقوات المسلحة، والفريق عبد الفتاح السيسي وزير الدفاع رجل محترف ،يعرف طبيعة القوات المسلحة التي تعد في غاية المهنية والتي حافظت على نفسها، ومن يسعى الي إحداث شرخ بينهم لن يفلح في ذلك.
كما أوضح مرسي عدم وجود شرخ أو خلاف بين المخابرات العامة والرئاسة، حيث إنها تابعة بشكل مباشر لرئيس الجمهورية ،وأنه كان في زيارة الأسبوع الماضي إلى المخابرات ليتابع عملهم يوميا، وأنهم يتفانون في ذلك، مشيرا إلى أنه على إتصال على مدار الساعة معهم.
وبشان أزمة النائب العام المستشار طلعت إبراهيم، أوضح الرئيس خلال حواره مع الإعلامي عمرو الليثي في برنامج "90 دقيقة" وأذاعه التليفزيون المصري، أنه لا يملك عزل النائب العام أو أي من القضاة لأنه جاء بطريقة دستورية وقانونية 100% ومحصّن بسلطة القانون ولا يمكن لأحد أن يعزله حتى ولو اختلف معه بعض القضاة في الرأي.