شيّدت المدرسة الظاهرية على أجزاء من القصر الشرقي الفاطمي الكبير خلال الفترة ما بين ٦٦٠ - ٦٦٢هـ/١٢٦٢ - ١٢٦٣م على يد السلطان الظاهر بيبرس أحد سلاطين المماليك البحرية.
وقد سميت هذه المدرسة بالظاهرية نسبة لـ الظاهر بيبرس نظرا لدوره الكبير في معركة المنصورة ضد الفرنسيين خلال فترة الحروب الصليبية على مصر وبلاد الشام ثم في معركة عين جالوت بين المسلمين والمغول التتار، حيث أنه بعد توليه السلطنة لقب بالقاهر ثم تم تعديل لقبه إلى الظاهر.
وكانت المدرسة تتكون من فناء أوسط وأربعة إيوانات لتدريس المذهب الشافعي والحنفي والقراءات السبع والحديث الشريف.
كما أقيم بها مكتبة ضخمة، وأنشئ بجوارها كُتَّاب لأيتام المسلمين لتحفيظ القرآن، وأوقف عليها السلطان بيبرس ربع خارج باب زويلة في المنطقة التي عرفت بتحت الربع.
ولم يتبق اليوم من تلك المدرسة سوى الجزء الأيمن من مدخلها ، وحجرة إلى الجنوب الشرقي منه ، وجزء من إيوانها الجنوبي الغربي، وذلك بعد فتح شارع بيت القاضي عام ١٨٧٤م في عهد الخديوي إسماعيل وسقوط مئذنتها عام ١٨٨٢م.
وتتميز المدرسة بنقش رنك الببر على شباكيها، وهو رنك السلطان بيبرس المصور لاسمه الذي يعني الفهد باللغة التركية، ومازال باب المدرسة المكسو بالنحاس والبرونز بالقنصلية الفرنسية بالجيزة بعد أن نقله إليها الكونت سانت موريس.
وكان يتولى فيها تدريس الشافعية تقي الدين بن رزين ، بينما كان يتولى تدريس الحنفية محب الدين عبد الرحمن بن الكمال عمر بن العديم ، وتولى تدريس الحديث الحافظ شرف الدين الدمياطي ، ولإقراء القراءات بالروايات كمال الدين القرشي ووقف لها خزانة كتب