لا شك أن الدولة تسعي جاهدة لإدارة مواردها المائية واستغلالها بالشكل الأمثل الداعم لتحقيق أهداف التنمية المستدامة وللحفاظ عليها وعدم إهدارها وهناك تعاون بين البرلمان والحكومة في إصدار قانون الموارد المائية والري الذي يوضح ضوابط إستخداماتها والتصرف فيها بمختلف مصادرها وعلي رأسها المياه الجوفية بإعتبارها تمثل نسبة كبيرة من المياه العذبة، ولهذا حدد المشرع آلية ترخيص الآبار الجوفية وبدء الحفر بها.
ونصت المادة (73) علي أن يلغى ترخيص البئر إذا لم يتم حفرها خلال عام من تاريخ الترخيص أو إذا لم يتم الانتفاع بها خلال عامين من إنشائها ، كما يجوز إلغاء الترخيص إذا تم استخدام البئر فى غير الأغراض المرخص بها ، ويجوز للوزارة ردم البئر على نفقة المرخص له.
ووفقا للمادة (68) فإنه تُشكل لجنة عليا للنظر فى الطلبات المقدمة للحصول على التراخيص أو تقنين حفر الآبار من ممثلى الجهات المعنية ذات الصلة من شاغلى الدرجة العالية على الأقل ، ويصدر قرار من رئيس مجلس الوزراء بتشكيل اللجنة ونظام عملها وتحديد اختصاصاتها وترفع توصياتها للوزير لاعتمادها ، ويعتبر اعتماد الوزير لأعمال اللجنة ملزمًا للجهات الأخرى .
وتتولى الوزارة إجراء الدراسات الفنية اللازمة للكشف عن مصادر المياه الجوفية على مستوى الجمهورية وحصر هذه المصادر ووضع سياسات لتنمية واستغلال المياه الجوفية ووضع ضوابط استخدامها والحماية لها ومراقبة كمياتها ونوعيتها .
ويصدر الترخيص بحفر البئر الجوفية وتحديد مواصفاتها وإحلال غيرها بدلاً منها بقرار من الإدارة العامة المختصة بناءً على توصية من اللجنة العليا للتراخيص ، على أن تكون مدة الترخيص خمس سنوات قابلة للتجديد ، ويصدر الترخيص مقابل رسم لا يجاوز ألف جنيه عن كل سنة لطلبات التراخيص الجديدة أو عند تجديد التراخيص السارية .
وتنظم اللائحة التنفيذية إجراءات وشروط الترخيص وفئات هذا الرسم ، وتعفى من هذه الرسوم الآبار التى يتم ترخيصها بالأراضى القديمة بالوادى والدلتا والتى تستخدم للري التكميلى .
يُحظر حفر أية آبار للمياه الجوفية داخل أراضى الجمهورية إلا بترخيص من الوزارة وطبقًا للشروط التى تحددها .
ويُحظر على القائمين بحفر الآبار الجوفية من المقاولين والشركات والأفراد التعاقد على حفر أية آبار ما لم تكن حاصلة على ترخيص بذلك من الوزارة وبما لا يتعارض مع القانون رقم ١٤٣ لسنة ١٩٨١ بشأن الأراضى الصحراوية.
ويُحظر التخلص من المنتجات البترولية أو المخلفات الناتجة من حفر آبار البترول فى أى طبقة جيولوجية إلا فى الطبقة التى أنتجت منها وتحدد اللائحة التنفيذية الشروط والمواصفات والإجراءات اللازمة، طبقا للمادة (70).
وللمهندس المختص أو المكلف بعمله الحق فى دخول جميع مواقع الآبار للتفتيش على مطابقة استخدام البئر للشروط المتضمنة فى الترخيص واتخاذ الإجراءات اللازمة لإزالة أية مخالفة وتحصيل قيمة التكاليف بالإزالة بالطرق الإدارية .
كما أنه للوزارة تحصيل مقابل عن كل متر مكعب من المياه المستخرجة من الآبار إذا كان الغرض من الترخيص للآبار للاستخدامات غير الزراعية ، وتنظم اللائحة التنفيذية إجراءات وشروط الترخيص بحفر هذه الآبار ويحدد المقابل المستحق أو الإعفاء منه بقرار من رئيس مجلس الوزراء، بعد موافقة مجلس الوزراء ، وتئول حصيلة هذه المبالغ إلى الخزانة العامة للدولة .