نص قانون تنظيم إدارة المخلفات في المادة (9) منه على أن يكون لجهاز إدارة المخلفات رئيس تنفيذي، يصدر بتعيينه قرار من رئيس مجلس الوزراء ، ويرشحه الوزير المختص لمدة أربع سنوات قابلة للتجديد لمدة واحدة مماثلة ، ويحدد القرار معاملته المـالية ، ويكون مسئولاً عن تنفيذ السياسة العامة للجهاز ، كما يكون مسئولاً أمام مجلس الإدارة عن سير أعمال الجهاز فنيا وإداريا وماليًا ، ويختص بالآتي :
- تصريف أمور الجهاز والإشراف العام علي سير العمل به ومتابعة تنفيذ لوائح وقـرارات الجهـاز .
- إعداد وعرض الموضوعات علي مجلس الإدارة .
- تنفيذ قرارات مجلس الإدارة .
- إعداد وعرض الموازنة التخطيطية السنوية والمركز المـالي والقوائم المـالية للجهاز علي مجلس الإدارة .
- عرض تقارير دورية ربع سنوية علي مجلس الإدارة عن نشاط الجهاز وسير العمل به وما تم إنجازه وفقا للخطة والبرامج الموضوعة وتحديد معوقات الأداء والحلول المقـترحة لتذليلهـا .
- وضع نظام للائحة الخاصة بشئون العاملين بالجهاز دون التقيد بالقواعد والنظم الحكومية في هذا الشأن .
- مباشرة الاختصاصات التي تحددها اللوائح الداخلية للجهاز .
- القيام بما يكلفه به مجلس إدارة الجهاز من أعمال أو مهام .
- العمل علي تطوير نظم العمل بالجهاز وفروعه ومكاتبه وتدعيم قطاعاته وإصدار القرارات اللازمة لذلك .
- مباشرة اختصاصات الوزير المختص في مجال تطبيق قانون تنظيم التعاقدات التي تبرمها الجهات العامة الصادر بالقانون رقم ١٨٢ لسنة ٢٠١٨
- مباشرة اختصاصات الوزير المختص المنصوص عليها في القوانين واللوائح بالنسبة للعاملين .
- أي اختصاصات أخري يري مجلس الإدارة إسنادها إليه .
وللرئيس التنفيذي للجهاز أن يفــوض واحــدًا أو أكثر من شاغلي الدرجـــة الممتـــازة أو العالية بالجهاز في مباشرة بعض اختصاصاته .