وتتمتع مصر وجيبوتي بعلاقات تاريخية واستراتيجية متميزة، حيث تعد مصر من أوائل الدول التي أقامت علاقات دبلوماسية وفتحت سفارة لها في جيبوتي عقب استقلالها عام 1977، كما سارعت مصر للترحيب بالاتفاق الإطاري للحوار السياسي الذى تم توقيعه بين الحكومة وائتلاف المعارضة في جيبوتي، لإنهاء الخلاف السياسي، وفي المقابل فقد ساندت جيبوتي المواقف المصرية في كافة المحافل الدولية، والتي كان آخرها تصويتها ضد قرار مجلس السلم والأمن الأفريقي بتعليق مشاركة مصر في أنشطة الاتحاد الإفريقي بعد ثورة 30 يونيو.

ويعزز من العلاقات الوثيقة بين البلدين موقع جيبوتي الاستراتيجي في مدخل البحر الأحمر، قرب خليج عدن ومضيق باب المندب، البوابة الجنوبية لقناة السويس، وأحد المحاور الأساسية للأمن القومي المصري، فضلا عن كون جيبوتي بوابة مهمة لمنطقة القرن الإفريقي وشرق إفريقيا، في ظل تمتعها ببنية تحتية وموانئ متطورة.