حددت المادة (7) من قانون تنظيم إدارة المخلفات، إختصاصات مجلس إدارة جهاز “ إدارة المخلفات”و هو السلطة العليا المهيمنة علي شئون الجهاز وإدارته والموافقة علي السياسة العامة التي يسير عليها ، وله أن يتخذ من القرارات ما يراه لازمًا لتحقيق أهدافه ، ويباشر المجلس اختصاصاته علي الوجه المبين بهذا القانون ، وله علي الأخص ما يلي :
١ - الموافقة علي السياسات والمخططات الاستراتيجية لإدارة الأنواع المختلفة للمخلفات ، وكذلك الموافقة علي الخطة المحلية الرئيسة للإدارة المتكاملة للمخلفات .
٢ - اعتماد خطط وبرامج عمل الجهاز .
٣ - اعتماد الهيكــل التنظيمي للجهــاز ، وذلك وفقـًا للقواعد والإجــراءات المقــررة في هـذا الشـأن .
٤ - إقرار اللوائح المـالية والفنية والإدارية وغيرها من اللوائح الداخلية المتعلقة بتنظيم العمل بالجهاز .
٥ - وضع نظام التعاقد مع الخبراء والمتخصصين الذين يستعين بهم الجهــاز للعمل في المشروعات التي يقوم بها أو يشرف علي تنفيذها ، وتحديد أسلوب المعاملة المـالية لهم ، وذلك وفقًا للقوانين المنظمة لذلك .
٦ - قبول المنح والهبات والتبرعات التي تقدم للجهاز بما لا يتعارض مع أغراضه ، ووفقا للقواعد والإجراءات المقررة في هذا الشأن .
٧ - تحديد فئة رسم إصدار التراخيص والتصاريح والموافقات التي يصدرها الجهاز ، بمـا لا يجاوز الحد الأقصى المنصوص عليه في هذا القانون ، ومقابل الأعمال أو الاستشارات الفنية والتوصيات أو الخدمات التي يؤديها الجهاز للغير ويصــدر بتحـــديد فئـــاتها قرار من الوزير المختص بعد موافقة مجلس الإدارة .
٨ - إبداء الرأي في مشروعات القوانين المتعلقة بتنظيم عمليات إدارة المخلفات .
٩ - الموافقة علي الدراسات والمشروعات الرائدة والتجريبية والدراسات اللازمة لتطوير منظومة إدارة المخلفات .
١٠ - الموافقة علي مؤشرات الأداء الرئيســة لرصـــد ومتـــابعة وتقييم ممـــارسات إدارة المخلفـات .
١١ - إقرار مشروع الموازنة السنوية والحساب الختامي السنوي والمركز المـالي والقوائم المـالية للجهاز .
١٢ - النظر فيما يري الوزير المختص أو الرئيس التنفيذي للجهاز عرضه من مسائل تدخل في مجال اختصاصه .