أكدت المحكمة الإدارية العليا، برئاسة المستشار محمد حسام الدين، رئيس مجلس الدولة أن بطريركية الأقباط الأرثوذكس وهيئاتها الإدارية يخضع للقانون العام، ويقوم على رعاية المرافق الدينية ولذلك فانها من اختصاصات السلطات العامة، ولايوجد عائق قانونى لاعتبار قراراتها قرارات إدارية.
جاء ذلك حيثيات حكمها الصادر باعتبار القرارات التى تصدرها الكنيسة بحرمان بعض الأقباط من ممارسة الأسرار الكنسية، والتى تعرفها العقيدة المسيحية بأنها بعض الأعمال المقدسة والمنح الإلهية كسر التوبة والاعتراف وسر القربان والتناول، هى قرارات تجتمع فيها أركان القرار الإدارى، ومن ثم تختص محاكم مجلس الدولة بنظر الطعن عليه.
ورفضت المحكمة الطعن المقام من بابا الإسكندرية وبطرايرك الكرازة المرقسية بصفته، وأيدت حكم وقف تنفيذ وإلغاء قرار بطريركية الأقباط الأرثوذكس بحرمان إحدى السيدات من ممارسة الأسرار الكنسية، ورفضت دفوع المستشار منصف نجيب سليمان، محامى الكنيسة، بعدم اختصاص محاكم مجلس الدولة ولائيًا بنظر الدعوى، وعدم قبول الدعوى لانتفاء القرار الإدارى، لأن الطلب المقدم من تلك السيدة يتعلق بأمر من أمور العقيدة المسيحية لطائفة الأقباط الأرثوذكس والتى لا تخضع لرقابة القضاء.
وأضافت المحكمة، أنه لما كان قرار حرمان السيدة المشار إليها وهى مواطنة من أبناء الطائفة الأرثوذكسية من ممارسة الأسرار الكنسية يحول بينها وبين أداء شعائر ديانتها التى تؤمن بها ويشكل قيدًا على ممارستها بالمخالفة للحريات العامة التى كفلها الدستور للمواطنين ومنها حرية العقيدة وحرية ممارسة الشعائر الدينية مما يشكل مساسًا بمكرزها الاقنونى، ومن ثم يكون قرار حرمانها من ممارسة الأسرار الكنسية قد استجمع مقومات وأركان القرار الإدارى، وتكون الدفوع المشار إليها بعدم اختصاص المحكمة ولائيًا بنظر الدعوى قد وردت على غير محل مما يتعين معه رفضه.