يهدف قانون المخلفات إلى إعداد ومراجعة مقترحات تطوير وتحديث التشريعات والقوانين واللوائح والمعايير والقواعد الفنية التي تنظم أسلوب الإدارة المتكاملة للمخلفات، فضلا عن تقديم خدمات الاستشارات الفنية والتوصيات للجهات الإدارية المختصة، و تقديم الدعم الفني اللازم للجهات الإدارية المختصة، علاوة على جذب وتشجيع الاستثمارات في مجال أنشطة الإدارة المتكاملة للمخلفات بما يكفل تحقيق التنمية المستدامة.
وحدد القانون ضوابط وآليات التخلص من المخلفات الخطرة، ووضع القانون عقوبات رادعة للمخالفين، حال إغراق مواد أو مخلفات خطـرة في البحر الإقليمي أو الجرف القارى أو أعالى البحار أو المنطقة الاقتصادية الخالصة لجمهورية مصر العربية، حيث نص القانون، السفن العابرة أو المسجلة بجمهورية مصر العربية التى تحمل مواد أو مخلفات خطرة وتمر بالبحر الإقليمى أو المنطقة الاقتصادية الخالصة لجمهورية مصر العربية أن تقدم إلى الجهة الإدارية المختصة، وفقاً للضوابط التى يصدر بها قرار من وزير النقل بالاتفاق مع الوزير المختص شهادة ضمان مالى فى شكل تأمين أو سند تعويض أو ضمان أخر عند دخول الناقلة فى البحر الإقليمى على أن يكون سارى المفعول ويغطى أى أضرار محتملة، والتعويضات التى تقدر بمعرفة الجهة الإدارية المختصة بذلك.
عقوبات المخالفين
يعاقب بالسجن المـؤبد ، وبالغــرامـــة التي لا تقــــل عن خمسة ملايين جنيه ولا تزيد علي خمسة وعشـــرين مليون جنيه كل من أغرق مواد أو مخلفات خطـــرة في البحر الإقليمي أو الجرف القاري أو أعالي البحار أو المنطقة الاقتصادية الخالصة لجمهورية مصر العربية .
و يعاقب بالسجن ، وبغرامة لا تقل عن مائتي ألف جنيه ولا تزيد علي مليــون جنيــه كل من يخالف أحكام الفقرة الثانية من المـادة (55) من هذا القانون ، وفي جميع الأحوال ، تحكم المحكمة بمصادرة وسائل النقل والآلات والمعدات المستعملة في ارتكاب الجريمة ، ودون إخلال بحقوق الغير حسني النية وبإلزام المحكوم عليه بالتخلص منها بطريقة سليمة بيئيا علي نفقته الخاصة .
يعاقب بغرامة لا تقل عن ألف جنيه ولا تزيد علي خمسمائة ألف جنيه كل من يخالف أحكام البند (أ) من المـادة ( 27 ) من هذا القانون ، وفي جميع الأحوال ، تحكم المحكمة بمصادرة المضبوطات .
يعاقب بالسجن مدة لا تزيد علي خمس سنوات كل من ارتكب عمدًا أحد الأفعال المخالفة لأحكام هذا القانون إذا نشأ عنه إصابة أحد الأشخاص بعاهة مستديمة يستحيل برؤها ، وتكون العقوبة السجن مدة لا تقل عن خمس سنوات ولا تزيد علي سبع سنوات إذا نشأ عن المخالفة إصابة ثلاثة أشخاص فأكثر بهذه العاهة ، فإذا ترتب علي هذا الفعل وفاة أحد الأشخاص تكون العقوبة السجن المشدد ، وتكون العقوبة السجن المؤبد إذا ترتب علي الفعل وفاة ثلاثة أشخاص فأكثر .